Muzeum znajduje się na terenie byłego nazistowskiego obozu koncentracyjnego Stutthof, który funkcjonował od 2 września 1939 do 9 maja 1945 roku.

Obóz Stutthof służył przede wszystkim eksterminacji najbardziej świadomego i patriotycznie nastawionego żywiołu polskiego, głównie inteligencji z terenu Gdańska i Pomorza. Od 1942 r. napływały transporty Polaków, kierowane nie tylko przez jednostki policji z terenu okręgu Gdańsk - Prusy Zachodnie, ale i z innych regionów okupowanego kraju. W tym czasie Stutthof zaczął stawać się obozem międzynarodowym, ponieważ osadzano w nim coraz liczniejsze grupy więźniów innych narodowości. W czerwcu 1944 r. włączono go do realizacji "ostatecznego rozwiązania kwestii żydowskiej" (Endloesung), nabrał więc charakteru obozu masowej zagłady.

W ciągu ponad 5 lat istnienia Stutthof rozrósł się od niewielkiego obozu obejmującego 12 ha powierzchni i mieszczącego jednorazowo ok. 3500 więźniów (1940 r.) do 120 ha i 57 000 więźniów (1944 r.). Miał łącznie 39 podobozów.
Stutthof był miejscem osadzenia 110 000 osób: mężczyzn, kobiet i dzieci, obywateli 25 krajów, reprezentujących ponad 25 narodowości. Szacuje się, że 65 tysięcy spośród osadzonych zginęło w obozie, jego podobozach lub w czasie marszów ewakuacyjnych.

Muzeum Stutthof w Sztutowie powołane zostało z inicjatywy Rady Ochrony Pamięci Walki i Męczeństwa, uchwałą Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Gdańsku w dn. 12 marca 1962 r. Od 1 kwietnia 1966 r. podlega bezpośrednio Departamentowi Muzeów w Ministerstwie Kultury i Sztuki.

Od 31 lipca do 4 września w Muzeum można oglądać multimedialną wystawę "Bez słów".